Antistoffene som frisettes fra plasmacellene har flere funksjoner som hemmer eller indirekte ødelegger den invaderende mikroorganismen eller det fremmede antigenet. Frisatte antistoffer vil selv ikke drepe en mikroorganisme, men vil initiere andre mekanismer, særlig det uspesifikke forsvaret, som effektiviseres i håndteringen av mikroorganismen. Det antistoffene gjør er å:
- binde opp mikroorganismens eventuelle sykdomsfremkallende antigener – slik som eksotoksiner og slik nøytralisere dem
- klumpe store mengder antigener, det vil si mindre partikler eller kanskje større virus – som lettere og mer effektivt kan spises av fagocytter som gjenkjenner antistoffenes konstante del og spiser dem og det de er festet til
- aktivere komplementsystemet – som dermed angriper fremmede mikroorganismer og lager huller i disse og slik dreper dem
Antistoffene utgjør bare deler av det spesifikke immunforsvaret, og de angriper de mest iøynefallende mikroorganismene som har invadert deg, de som vandrer i et vev eller via lymfesystemet, ekstracellulært. De er derimot mindre effektive mot mikroorganismer som invaderer enkeltceller og formerer seg der, slik virus og enkelte bakterier som tuberkulosebakterien gjør. I slike tilfeller er det det cellemedierte immunforsvaret som må trå til, T-lymfocyttene.