Hud og slimhinner danner en fysisk barriere mellom omgivelsene og kroppens indre. Denne barrieren vil hemme mikroorganismene i å adherere (feste seg) til kroppens celler og penetrere (trenge inn i) dem. Dermed hemmes en av mikroorganismenes viktigste trekk i å invadere deg, nemlig å nå et gitt vev eller sted egnet for invasjon (se mikrobiologi). I tillegg til å utgjøre en barriere, er huden og slimhinner også utstyrt med en slags molekylær motstand. Huden, og sekreter som skilles ut der, inneholder syrer som holder pHen på huden til omkring 3 – 5 og skaper slik et ugunstig miljø for flere mikroorganismer. Huden og en del slimhinner og væsker, slik som tårer og spytt, kan også inneholde stoffer som hemmer mikroorganismer. Et eksempel på det er defensiner, kroppens eget antibiotikum.
I tillegg til å være en barriere mot selve mikroorganismene vil huden også være en barriere mot skadelige stoffer og stråler som også kan skade deg.
Magesyren i magesekken, som holder en pH fra 1,5 – 3, innehar også en klar beskyttelsesfunksjon mot mikroorganismer som følger eksempelvis mat og drikke via munnhulen. Ved denne pHen er miljøet såpass surt at de aller fleste bakterier og virus ikke vil overleve.